阴茎根部痛可能为以下原因所引起：一、阴茎损伤，如果在性生活时用力过大或者阴茎遭受外力撞击，会导致阴茎根部损伤，而引起疼痛、肿胀等症状。二、泌尿系统结石，比如尿道结石，通常会对尿道黏膜造成剧烈的刺激，会引起阴茎根部疼痛。此外，阴茎根部疼痛还有可能为前列腺癌、尿道肿瘤、精囊肿瘤等因素所引起。