卵巢囊肿如何治疗与卵巢位于附件区的哪一侧没有直接关系，而与卵巢囊肿的性质密切相关。具体如下：第一、卵巢囊肿分为不同的类型，临床上较为常见的卵巢囊肿是卵巢生理性囊肿，也就是在月经后半期出现的卵巢囊肿，而经过2-3个月经周期的观察，在月经刚刚结束时进行超声复查，往往卵巢囊肿缩小甚至消失，这种情况称为卵巢生理性囊肿，是不需要进行治疗的。第二、卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿。卵巢子宫内膜异位囊肿是女性子宫内膜异位症的一种表现形式，有可能会造成继发性、进行性的痛经以及女性不孕症的临床表现，需要进行积极治疗。卵巢囊肿的治疗往往给予药物，包括中药活血化瘀以及口服避孕药等等的治疗。当卵巢子宫内膜异位囊肿长大到一定程度或者出现明显的临床症状时，还可以进行手术治疗。第三、卵巢的炎性肿物，卵巢的炎性囊肿是盆腔炎症所导致的，需要进行规范的抗生素治疗，同时还可以结合中药活血化瘀来配合治疗。