肛肠囊肿怎么治疗，具体如下：第一种，肛肠囊肿临床上比较少见，可以理解为肛周囊肿。肛周囊肿一直没有任何不适又比较小，可以暂时观察。第二种，如果肛周囊肿比较大没有疼痛，建议尽早手术。因为一旦感染，则不能一次根治，要分两次手术。第三种，如果是肛周囊肿急性感染疼痛的时候，首先要切开引流，把脓肿里面的脓引流出来，然后静滴抗生素使炎症消退。消退三个月之后炎症会得到明显缓解，再把囊肿切除后缝合。