肠道厌氧感染一经发现应立即治疗，首选一般治疗、对症治疗、抗生素治疗等综合内科治疗，经内科治疗无效者可考虑手术治疗。1.一般治疗完全卧床休息，禁食水、具体时间依据病情而定，补充能量、纠正电解质紊乱等。2.对症治疗腹痛者给予哌替啶；腹胀、呕吐者给予胃肠减压；便血多者给予云南白药、凝血酶口服，大量出血可用生长抑素泵入。3.抗生素治疗C型产气荚膜杆菌感染一般二种抗生素联合应用。常用的抗生素：环丙沙星、甲硝唑、替硝唑等。难辨梭状芽孢杆菌感染需要停用相关抗生素，如果必须使用抗生素要进行药物更换。严重的难辨梭状芽孢杆菌感染需要给予抗生素治疗，一线用药为甲硝唑和万古霉素。4.其他治疗可给予微生态制剂调节肠道菌群；服用思密达吸附肠道内毒素；C型产气荚膜杆菌感染可给予胰蛋白酶水解β毒素，减少吸收；肾上腺皮质激素可以改善全身毒血症状。5.外科治疗外科治疗适应证：肠穿孔；严重肠坏死，腹腔内有脓性或血性渗液；反复大量肠出血，并发出血性休克；肠梗阻、肠麻痹；不能排除其他急需手术治疗的急腹症。