龟头起水疱可能的原因：1、疱疹病毒感染引起，常见的感染途径为不洁的性接触导致单纯疱疹病毒感染，这时可以出现龟头簇状分布的小水疱，基底发红，疱液清亮，约2-3天以后可以自行破裂，破裂后表现为局部糜烂伴有明显的疼痛感，具有一定的传染性，需要进行疱疹病毒检测，确诊以后给予抗病毒治疗。2、如果出现龟头局部过度摩擦或者手淫等刺激，可以导致小水疱出现，多为单发，泡壁较薄，疱液清亮，有自然破裂的可能，停止相关的刺激因素以后，水疱可自然消退。3、如果患有龟头炎，可以出现小水疱，多伴有龟头或者包皮肿胀，或者出现龟头红斑等，小水疱多分布在红斑的周围或者红斑之上，随感染进一步加重，其疱液可以化脓，出现小白疱等改变。