部分患者使用复方酮康唑发用洗剂之后，会有一些副作用。表现为有过敏反应，局部皮肤灼烧感，瘙痒，刺激以及头发干燥，变色，脱发等。还可出现有红斑，皮肤干燥，毛囊炎，皮肤萎缩变薄，有萎缩纹，毛细血管扩张，色素沉着以及继发感染等。如果长期使用，很可能会引起皮肤吸收过多，导致皮质功能亢进症，可表现为多毛，痤疮，满月脸，骨质疏松等一系列副作用。还有极少数患者可能会出现有变态反应性皮炎。