肛门囊肿的最好治疗方法有：早期积极治疗肛窦炎症是预防肛门囊肿的关键，对较大的肛门囊肿，若有脱出，应及时送回肛内，以免发生水肿及嵌顿、坏死、出血等。用中草药煎汤熏洗坐浴可以改善肛门局部血液循环，常用的药物有祛毒汤 ，煎汁先熏后洗，每日两次，也可以用1:5000的高锰酸钾溶液坐浴熏洗，每次坐浴熏洗后，肛内可纳入痔疮栓。肛门囊肿为良性肿瘤，本病有恶变倾向，主张早期手术治疗。