目前子宫内膜异位症的起因还没有明确的说法，最主要的学说就是异位种植学说，指的是有70%到90%的女性可能会在月经期出现经血逆流，逆流入盆腔形成子宫内膜异位病灶，或者在剖宫产术后腹壁瘢痕以及子宫肌层内出现异位病灶。其次，还有体腔上皮化生学说，指的是卵巢表面上皮被一些特殊的途径所激活，直接转化为卵巢的内异病灶。另外，还有遗传学说等，指的是有些女性有染色体的异常，会导致子宫内膜异位症的发生。