引起小脑萎缩的原因主要是各种生理性的因素，另外还可以见于遗传性的疾病、缺血缺氧性的脑病、药物的中毒、长期的酗酒、各种颅内的感染以及头部的外伤和各种血管性的疾病。大部分的小脑萎缩都是属于正常的生理现象，通常是老年患者在行头颅磁共振偶然发现的。患者头颅磁共振通常表现为脑组织体积的缩小、相应的脑室以及脑沟出现增宽的情况。