肛门有囊肿，主要就是根据囊肿的症状进行药物治疗，或者是通过手术进行治疗。肛门囊肿一般是肛门周围的囊性的包块，如果起初比较小，没有任何不适的感觉，一般是不需要进行治疗的。在平时尽量减少主动触碰，在饮食上注意调整，避免过于辛辣刺激性的食物，减少油炸的食品。如果肛门周围的囊肿有发生感染的情况，局部有红肿和疼痛。在脓液尚未形成之前，可以先进行药物的对症治疗。局部可以使用消毒剂进行涂抹，然后涂抹红霉素软膏等药物进行对症的治疗，还可以适当地口服抗生素药物进行治疗。如果肛门周围囊肿已经形成了脓液，一般是需要进行切开排脓，并且在切开以后按时换药，促进伤口的愈合。