确诊先天性十二指肠闭锁主要依靠羊水细胞学检查、Farber试验、腹部X线检查、超声检查、肛门指检等帮助确诊。羊水细胞学检查当母亲羊水过多，或超声检查高度怀疑胎儿有高位梗阻时，可行羊膜腔穿刺羊水细胞学检查，确定是否合并有染色体畸形存在。Farber试验用1％温盐水或1％过氧化氢液灌肠，无大量胎便排出，可用来排除胎粪性便秘及先天性巨结肠。腹部X线检查立位腹部平片或碘造影检查，可检查有无十二指肠梗阻，有助于疾病诊断。超声检查孕期超声检查可观察子宫内羊水量，除可以作临床诊断外，还可以用于产前检查，供生后正确诊断和有准备地进行治疗时参考。肛门指检可排除肛门闭锁的可能。