霉菌性肠炎的治疗方法包括增强患者机体免疫力、改善肠道微循环以及服用抗真菌药物。霉菌性肠炎在日常生活中比较常见。治疗霉菌性肠炎的方法有很多，具体分析如下：一、增强患者的机体免疫力。二、改善肠道的微环境，比如服用益生菌来改变肠道的微环境，抑制霉菌的生存环境，从而使霉菌性肠炎得以好转。三、服用抗真菌的药物，服用一段时间之后，霉菌性肠炎的症状或者大便的化验异常会逐渐消失，从而使机体得以恢复。