乙肝大三阳和小三阳最大区别在病毒复制的活跃程度。大三阳一般病毒复制比较活跃，病毒量比较高，传染性比较强。小三阳一般病毒复制不活跃，或者没有复制，病毒量比较少，传染性比较小。乙肝大三阳和小三阳是可以相互转化的，人体的免疫系统成熟后，能够识别受感染的肝细胞，并出现了清除受感染肝细胞的反应，就会导致病毒被大量清除掉，同时产生了肝细胞损伤和炎症反应，出现了肝炎活动。出现反复多次的肝炎活动后，体内的乙肝病毒数量进一步减少，病毒复制能力减弱，就会变成乙肝小三阳。乙肝大三阳转化为乙肝小三阳的过程中，体内的乙肝病毒被部分清除了，但肝脏出现了一定炎症和纤维化。如果经过数次肝炎活动后，乙肝病毒被完全清除，那么肝炎活动就停止，就转化成非活动性乙肝表面抗原携带者，就是乙肝小三阳中的乙肝病毒携带者，这种小三阳是比较好的，病情比较稳定，预后较好。如果患者免疫系统不够强大，不能完全将体内的乙肝病毒完全清除，乙肝病毒为了逃避免疫系统的攻击，就会发生前C区基因变异，不合成乙肝e抗原，体内的乙肝病毒继续复制，这类的小三阳是慢性活动性肝炎，容易出现长期反复的肝炎活动，持续一段较长的时间后容易出现肝硬化，甚至肝癌。此外，乙肝大三阳患者如果经过长期持续的抗病毒治疗后，病毒复制能力减弱，会从大三阳转化成小三阳。所以大三阳变成小三阳，是人体自身免疫系统成熟后，发生自发免疫清除，或者通过抗乙肝病毒治疗后产生的。