肝内胆管结石主要通过手术治疗。无症状、无局限性扩张的三级胆管以上的结石，一般可以不做治疗，定期随诊复查即可；胆管结石较小，症状较轻的患者可以选择服用消炎利胆类的药物或者中药来治疗；反复发作胆管炎的肝内胆管结石主要采用手术治疗，手术的原则是：取净结石、去除病灶、通常引流、防止复发。具体的治疗方法可以根据肝内胆管结石的部位、有无合并胆管狭窄及肝萎缩，分别采取合适的治疗，手术方法包括肝切除术、胆管切开取石术、胆肠吻合术、肝移植术。