阴茎刺痛的原因是很多的：1.有可能会是因为尿路感染。比如说急性尿道炎，尿道粘膜受到病原体的刺激都有可能会引起阴茎刺痛。2.结石。如果有存在尿道结石，而结石持续的刺激排不出来，也同样有可能会引起阴茎刺痛的症状。3.前列腺炎。尤其是细菌性前列腺炎也会导致疼痛，沿尿道放射，进而有可能会出现阴茎刺痛的。4.外伤或者医源性损伤。比如说导尿或者做了尿道的手术，都有可能会引起尿粘膜受损，进而出现阴茎刺痛的症状。