强直性脊柱炎目前病因不明，但强有力的证据显示遗传因素在强直性脊柱炎的发病中，占有很重要的地位，尤其是HLA-B27对疾病发生的贡献率在30%以上。关于强直性脊柱炎的发病机制，认为是由免疫介导的自身炎症，但很少有直接的抗原特异性自身免疫的证据。