脑囊肿可能是创伤或者手术所形成，也可能与蛛网膜颗粒增大以及腺体异常分泌有关，局部的囊肿多数是在颅内发病的，主要包括蛛网膜囊肿、垂体囊肿和松果体区囊肿。在头部受到明显创伤或者做过头颅手术，就可能会导致软组织粘连，从而引起局部的组织液分泌异常增多，脑脊液也会越来越多，导致囊肿性的改变。蛛网膜颗粒是存在于头骨骼中的正常结构，主要是参与脑脊液循环的，当受到炎症性病变时蛛网膜颗粒循环受到阻碍，会自己逐渐增大形成囊肿。腺体本身分泌异常多数会引起垂体囊肿和松果体囊肿。