一般首选外用药物治疗灰指甲。常用的外用药是盐酸阿莫罗芬搽剂，灰指甲的患者按医生指导去使用药物，在用药15天到20天可在根部长出新甲，待新甲全部长出，剪掉全部病甲。外用效果不佳时，考虑口服抗真菌药物，如氟康唑、伊曲康唑等，需要在医生指导下使用。但这类抗真菌药得到达真菌所寄生的甲板中才会发挥抗菌能力，而且水中的溶解度低且溶解慢，代谢又比较快，用药量会比较大，用药时间需要长一些。除甲疗法是用外科将病甲去除，最常用的是拔甲治疗，可以缩短疗程。如果单用外科疗法，会容易复发。