可采用口服抗真菌的药物，如酮康唑，氟康唑等等，同时积极治疗其配偶的霉菌性阴道炎。霉菌性尿道炎或阴道炎未治愈之前，性生活时应当用避孕套等安全措施，避免交叉感染发生。临床上霉菌性尿道炎，在男性患者中并不多见。主要的原因是由于男性患者的配偶有霉菌性阴道炎。通过性生活传染导致性了霉菌性尿道炎。尿道分泌物检查发现大量的霉菌，如白色念珠菌后，霉菌性尿道炎的诊断即可确定。