目前对于脑囊肿具体形成机制尚无定论。多数学者认为，脑囊肿可能是由于发育异常所导致出现的。部分患者由于先天性因素导致出现的局部脑囊肿形成。此外，部分患者是由于蛛网膜颗粒发生黏连、堵塞，导致出现的脑脊液分泌异常，从而造成蛛网膜囊肿形成。对于垂体囊肿或松果体囊肿来讲，是由于本身属于内分泌器官，能够分泌相应的物质。在特殊情况影响下，可能会导致细胞产生异常增生的情况，从而导致出现局部囊肿形成。