因滴虫性阴道炎可同时有尿道、尿道旁腺、前庭大腺滴虫感染，所以治愈此病需要全身用药。主要治疗药物有甲硝唑及替硝唑。初次治疗可选择甲硝唑2克，单次口服，或替硝唑2克，单次口服，或甲硝唑400毫克，每日两次，连服7日。口服药物的治愈率达90%以上。服药后偶见胃肠道反应，如食欲减退、恶心、呕吐，如果有头痛、皮疹、白细胞减少等要立即停药。甲硝唑用药期间及停药24小时以内，替硝唑用药期间及停药72小时以内禁止饮酒。在哺乳期用药不宜哺乳。另外，滴虫性阴道炎主要由性行为传播，所以性伴侣也应该同时进行治疗。如果初次治疗失败，可重复应用甲硝唑400毫克，每日两次，连服7日，或替硝唑2克，单次口服。若治疗仍失败，给予甲硝唑2克，每日一次，连服5日，或替硝唑2克，每日一次，连服5日。