肛门位置如果有疼痛，需要及时的检查，及早的进行治疗。首先需要明确诊断，肛门处如果有疼，最常见的原因就是存在肛裂，肛周脓肿等肛门处常见的疾病。所以在诊断明确之后，还是需要及时的进行治疗。如果是肛周脓肿，一般需要通过手术的方法进行治疗。如果是有肛裂，可以先进行药物的保守治疗，如果药物保守治疗效果不理想，可以考虑进行手术治疗。