跑步后膝盖肿了可能是存在半月板损伤或韧带损伤的情况，应当立刻停止跑步，对膝关节部位进行制动，使用毛巾包裹冰块对局部进行冷敷，防止肿胀的症状持续加重。在处于恢复期时，应当对局部进行热敷改善局部的血液循环。当疼痛的症状较严重时，可使用双氯芬酸钠、布洛芬等药物改善，也可使用活血化瘀的药物进行治疗，比如舒筋活血片。如果膝盖肿胀的症状比较严重，还伴有膝关节不稳等严重的症状，可能是损伤比较严重。应当就医进行膝关节X光片、磁共振等检查明确诊断，然后进行针对性治疗。