生理性的卵巢囊肿不用治疗就能自行消失，病理性的卵巢囊肿需要进行专业治疗。一般来说药物治疗对于卵巢囊肿是没什么用的，或者说作用有限，临床建议手术治疗。治疗时要综合考虑多种因素，包括患者的年龄、囊肿的良恶性、位置、大小、生长速度、是否保留生育功能以及患者的主观愿望等。如果是良性的肿瘤，可选择卵巢囊肿剔除术或者附件切除术，包括输卵管和卵巢。卵巢囊肿剔除术可以保留患者的生育功能，适合年轻患者尤其是绝经前患者；附件切除术可以切除患侧的输卵管和卵巢，这个适合年龄较大或者绝经后的患者。对于恶性的肿瘤，如果是生殖细胞肿瘤或者早期的卵巢上皮性癌，可以选择保留生育功能的分期手术。如果是晚期的卵巢上皮癌，肿瘤已经殃及到盆腹腔，常与子宫、附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜。因此治疗时可选择卷地毯式或包饺子式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，有时连同大网膜切除及部分肠切除等。?此外，术前和术后可以选择化疗来辅助治疗。