肛门囊肿主要的治疗方法，就是通过药物治疗或者是通过手术进行治疗。肛门囊肿是肛门周围发生的囊性的包块，如果处于疾病的稳定期，在平时的时候没有任何不适的感觉，可以先观察为主。但是要尽量的避免过多外来的刺激，也要尽量的减少油炸的食品，减少辛辣刺激性的食物。如果肛门囊肿出现局部的疼痛，甚至是发生感染，形成脓液，可以先进行切开引流的手术，缓解肛门局部疼痛的症状。如果手术的时机不成熟，有局部的感染，也可以涂抹红霉素软膏等药物进行对症的治疗，主要就是改善疼痛等临床症状。如果想要彻底的治疗，一般是在稳定期的时候进行手术治疗。