儿童早上起床咳嗽的原因有：1、可能与温度有关。一般早上的气温会比较低，早上起床后如果没有注意做好保暖，就容易受凉引发咳嗽。2、可能是咽喉部分泌物较多引起。如果咽喉部存在有较多气道分泌物，早上起床之后痰液会对咽喉部造成刺激，这样就会有咳嗽的症状产生。3、可能是患有慢性支气管炎引起，患有该疾病的患者通常在早上会出现明显咳嗽的症状。如果咳嗽不是很剧烈，可以先做观察，暂时不做处理。如果咳嗽加重需要的医院就医。