阴茎内部疼痛可能是尿道内疾病所致，也可能是阴茎海绵体的疾病所致，因为阴茎是由尿道海绵体和两根阴茎海绵体组成，具体的病因：1、急性尿道炎、膀胱炎、尿道结石，尿道内肿瘤、息肉都可以造成尿道黏膜破坏而引起局部疼痛，或者造成持续性、刺激性疼痛等。疼痛可以放射至阴茎或者耻骨后、龟头等部位，需要进行尿液化验检查或者尿道镜等检查，排除尿道病变。2、阴茎海绵体的病变，如海绵体硬化或者海绵体感染都可以出现局部肿胀、刺痛，伴有阴茎质地变硬或者出现局部的硬结症改变。但海绵体病变不影响排尿，不会出现尿液带血或者尿频、尿急等症状，可以考虑进行阴茎海绵体的体格检查或者B超检查，排除海绵体的病变。