粘液囊肿的治疗原则是进行手术，手术切除的范围将囊肿和引起囊肿的粘液腺一并切除，才可以达到根治的目的。有的人觉得囊肿破了，粘液流出来了，囊肿就好了，可以不进行手术，但是一旦囊壁开始愈合，就会重新形成，出现复发的现象，要想不复发，应该手术切除。在口腔当中最常见引起粘液囊肿的是舌下腺和唇腺，如果是舌下腺形成了舌下腺囊肿，需要切开黏膜，显露舌下腺，分离下颌下腺导管和舌神经，然后将舌神经和下颚下腺导管保护起来，将囊肿和舌下腺一并摘除。如果是下唇的粘液囊肿需要切开粘膜，将囊肿和引起囊肿的唇腺一起切除。