男性小便疼痛可能是以下因素所导致：1、如果男性的尿道部位遭受过损伤，比如性生活时用力过大或者是过度挤压，在排尿时就会出现排尿疼痛，可能还会伴有轻度的出血。2、如果男性存在不洁的性生活，有可能被传染上淋菌性以及非淋菌性的尿道炎，由于炎症的刺激就会引起小便疼痛，还伴有尿道烧灼感、尿道口脓性分泌物增多等症状。3、当存在尿道结石时，结石会对尿道造成损伤，就会出现排尿疼痛，还伴有排尿困难、血尿等症状。