分包款开票能抵扣。工程发票可以抵扣，作为增值税一般纳税人的施工单位，向一般纳税人的建设单位开具的增值税专用发票，建设单位可以抵扣增值税进项税额。工程发票，可以直接或通过折旧费，抵扣企业所得税应税收入。分包人应先按照分包营业额在工程所在地申报纳税，由当地税务机关开具分包发票给分包人。总包人再持分包合同、分包发票等资料在工程所在地按照总包取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额申报纳税，经税务机关审核批准后，可以开具总包发票。