蛇口码头地铁的出口是深圳地铁蛇口线的“蛇口港”站出站口，距离蛇口码头最近。相对而言，2016年10月前深圳蛇口客运码头是在深圳蛇口港，2016年10月30日蛇口客运码头正式停运。