支付宝取消商户代扣的流程如下：

1、在支付宝客户端【我的】页面点击【设置】-【支付设置】；

2、然后在支付设置页面中点击【免密支付/自动扣款】，选择需要取消的代扣再点击【关闭服务】即可。