肛瘘疼痛厉害，可以采取药物治疗或者手术治疗。肛瘘疼痛厉害说明肛瘘出现了急性感染，是因为瘘管内脓液积存无法正常排出，而引发的疼痛症状。首先，由于是感染因素造成的，所以患者需要通过使用药物控制感染症状，大多采用广谱抗生素，可以口服。严重的也可以静脉使用，必要时需要联合使用抗生素，以增加抗感染治疗的效果。其次，对于通过抗炎治疗效果不佳的患者，如果局部症状非常严重，无法缓解，患者就需要考虑行手术治疗。需要将瘘管切开排脓，在将瘘管切开排脓的过程中寻找到肛瘘内口并一并切开，就可以完全治愈肛瘘。