长期使用开塞露容易引起依赖性，导致习惯性便秘。使用不当还可能导致直肠肛管的粘膜损伤，造成直肠肛管出血及疼痛坠胀不适。因为开塞露主要成分是甘油，甘油有很强的吸水性，通过刺激肠壁引起排便反射来帮助患者进行排便。但长时间使用肠壁对刺激性的敏感性降低，甚至不起作用，形成没有强烈的刺激就不肯排便的习惯，导致习惯性便秘。反复插入刺激直肠肛管粘膜水肿及充血，甚至损伤黏膜造成直肠肛门出血及疼痛坠胀不适。