引起宝宝睡醒咳嗽的原因主要包括以下几种情况：1、由于患有急性上呼吸道感染引起的后果，往往会有鼻塞、流涕、打喷嚏等症状。在夜间睡眠的时候，鼻涕往往会倒流到咽喉部，睡醒以后往往会感觉到咽喉部有异物感、有痰液等，就会引起不自主地清嗓子咳嗽，此时咳嗽声音比较轻浅，部位是从咽喉部发出来。2、由于患有急性支气管炎造成，往往咳嗽、痰液比较多，在睡醒以后由于体位变化而引起痰液刺激呼吸道，进而造成咳嗽反射。