排尿时阴茎疼痛需要进一步检查明确病因后对症止痛，1、存在急性尿道炎、膀胱炎，可因炎症导致局部红肿、出血或者出现水肿等而出现疼痛，建议口服盐酸左氧氟沙星胶囊一粒，每日三次，口服双氯芬酸钠胶囊一粒，每日一次，观察疼痛症状是否缓解；2、尿道内存在有结石，排尿时出现明显的阴茎疼痛建议行尿道镜检查，确定结石的大小、位置后在镜下进行取石治疗，或者将结石推入膀胱后再行碎石治疗，去除结石诱因以后疼痛即可缓解；3、局部受到外伤导致局部红肿或者出现淤血、疼痛，则建议早期使用冰敷治疗，口服双氯芬酸钠进行抗炎止痛对症治疗。