卵巢囊肿最常见的为卵巢子宫内膜异位囊肿，药物治疗包括对症治疗和激素抑制治疗。对症药物治疗多采用非甾体类抗炎药缓解慢性盆腔疼痛及痛经，对症治疗不能阻止病情进展。 激素抑制治疗主要是造成女性体内低雌激素环境，使患者形成假孕，或假绝经，或药物性卵巢切除状态，导致异位内膜萎缩、退化、坏死而达到治疗目的，常用的药物有口服避孕药、孕激素类药物、促性腺激素释放激素激动剂、达那唑、孕三烯酮等。