新生儿肠炎在治疗方面可以使用药物疗法、饮食疗法及补充乳糖酶的疗法来进行。如果肠炎是受到细菌感染引发的，可以使用抗生素来做积极的抗感染处理；若腹泻是比较严重的，还可以使用肠粘膜保护剂来配合治疗。对于无法消化乳糖的轮状病毒的肠炎患儿，可以采用补充乳糖酶的方法来治疗；而慢性肠炎的患儿，则需要采用结合饮食疗法来进行治疗，在饮食上少吃辛辣及刺激性大的食物。在治疗期间，父母应该要听从医生的嘱咐做好生活上的护理。