真菌易于在酸性环境中生存，因此一般情况下，口腔真菌感染使用弱碱性水漱口就可达到很好的治疗效果。真菌一般为条件性致病菌，主要发生在机体抵抗力较弱的时期。口腔内真菌感染，多数为念珠菌感染所致。主要好发于老年人、婴幼儿、慢性基础病及其免疫缺陷的人群，如糖尿病、艾滋病等，另外局部外用激素的情况下也容易发生口腔真菌感染，如哮喘发作期患者。一旦口腔内发生真菌感染，可用消毒药棉蘸2%～4%的碳酸氢钠溶液擦洗口腔，还可以取制霉菌素碾碎和碳酸氢钠混匀涂抹于患处,如果经过上述局部治疗，患者病情不能控制或者合并其他内脏器官的真菌感染可考虑口服或者静脉应用抗真菌药物。除此之外，需积极治疗原发病，增强体质，提高机体免疫力。