治疗甲状腺功能亢进症的药物有甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶，这两种药物主要是用来抗甲亢的药物。其次，还有盐酸普萘洛尔，这是一个可以控制甲状腺功能亢进症患者的心率的药物；同时也有辅助治疗甲亢的作用，可以抑制T4向T3的转化。还有各种维生素，这些是用来补充由于甲状腺功能亢进症导致患者消耗的药物。另外，如果患者出现了白细胞的降低还可以应用利可君、鲨肝醇这些升高白细胞的药物。如果患者出现了甲亢性肝病或者是药物性肝病，还需要服用易善复、复方甘草酸二胺等一些保肝的药物。