大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。肛瘘的发病多数是因为肛周脓肿自行破溃或是切开引流，未彻底愈合而形成，少数因结核形成。不治疗可产生肛周脓肿，甚至出现败血症等风险。肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，会带来一系列的危害。首先，肛瘘感染发炎后肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染衣裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈，久而久之会对患者的身心健康造成严重的影响，而且发作会越加频繁。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延，而形成多发性复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到了肛门的生理功能。肛瘘的多发性可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，对周边的器官也造成严重影响，而且时间长了以后会有癌变的可能性。