在切除以后，局部外用抗病毒的软膏，减少的病毒复发。同时口服主要是抗病毒的药物。目前人乳头瘤病毒感染的有效的抗病毒药物并没有，常用的抗病毒药，主要是一些广泛的抗病毒药物，包括阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦。另外，肌注干扰素可以减少病毒的复发，可以有效地抑制病发，但是使用干扰素的时间要足够，减少病毒的自我复制，才能有效的治疗。男性人乳头状病毒感染，如果出现阴茎、会阴部、肛门区赘生物，呈菜花样生长的赘生物，首选的应该是手术治疗，行冷冻、激光或者手术切除皮肤的赘生物。