肠子总是隐隐作痛可能是由胃肠功能障碍、身体寒冷或过度疲劳等因素引起，也可能是由某些胃肠疾病引起，如胃酸分泌过多、胃炎或胃溃疡或者长期不规则饮食等因素引起。在医生的指导下可以考虑口服奥美拉唑胶囊、多潘立酮片或三九胃泰等药物进行治疗，注意不要吃酸、辣或刺激性食物，也不要吸烟或饮酒，最好去医院做胃肠内窥镜检查来明确病情，应该注意保持科学的饮食和良好的工作和休息习惯。可以考虑使用阿昔洛韦和其他药物进行抗病毒治疗，也可以使用抗生素或其他药物进行系统性治疗。如果病情持续加重，则需要及时到医院进行诊治。