脚趾甲真菌感染的时候，首先要到医院找医生面诊，由医生给你做一个真菌的涂片和培养检查，然后明确一下是否存在真菌感染的情况。如果结果是阳性的话，那就是一个甲真菌病，这个时候一般会首选口服伊曲康唑胶囊或者特比萘芬片来进行规律的治疗。手指甲疗程大概是3到4个月，脚趾甲需要5到6个月。如果真菌是阴性的话，那有可能是一个指甲营养不良，那就要进一步的检查血常规，微量元素，排查一下是否存在贫血或者微量元素缺乏的问题，再对症的进行补充。具体的话建议咨询一下当地的皮肤科医生。