新疆地区多种宗教并存格局的演变过程可以追溯到古代。在古代，新疆地区是丝绸之路的重要节点，多种宗教随着贸易和移民的流动进入该地区。这些宗教包括佛教、道教、摩尼教、景教等。

在唐代，佛教在新疆地区得到了广泛的传播和发展。众多的佛寺和佛教文化遗址留存至今，成为新疆地区历史文化的重要组成部分。

随着伊斯兰教的传入，新疆地区的宗教格局发生了重大变化。在元代和明清时期，伊斯兰教逐渐成为新疆地区主要的宗教。同时，藏传佛教和基督教等宗教也在该地区传播和发展。

近现代，新疆地区宗教格局的演变受到了政治和社会的影响。20世纪初，新疆地区爆发了多次反清起义，其中一些起义与伊斯兰教有关。1949年新疆地区和平解放后，中国政府对宗教实行了一系列政策，包括限制宗教活动和关闭寺庙等。这些政策对新疆地区的宗教格局产生了深远影响。

近年来，新疆地区发生了一些涉及宗教的事件和冲突。中国政府对新疆地区的宗教政策也引起了国际社会的关注和争议。目前，新疆地区的宗教格局仍在不断演变和调整中。