结肠炎在临床上的病原体多见于细菌，还与病毒等病原体感染有关。不同的病原体感染在药物选择方面，需要使用不同种类的抗生素。成人多建议选择喹诺酮类的抗生素进行消炎治疗；如果在确诊细菌性感染时，常用的有洛氟沙星和氧氟沙星等药物，在婴儿，尤其是婴幼儿，建议选择头孢类抗生素进行消炎治疗，比如头孢克肟；如果检查属于病毒感染，通常可以使用益生菌类的药物和调和脾胃的中成药进行治疗。结肠炎的患者一定在查明病原的情况下，然后有选择性的进行抗菌治疗，通过中医的辨证论治，给予中药调理。