尽管无安慰剂对照的随机临床对照实验证明，抗菌药物在非囊性纤维化性支气管扩张的疗效。抗菌药物依然是治疗支气管扩张急性加重期的主要手段。其目的在于控制细菌感染、减少细菌附荷、阻断炎症恶性循环。早期急性加重是推荐口服阿莫西林500毫克，每天三次用药十四天，反应不佳可加大剂量为一克，每天三次或三克每天两次产酶流感嗜血杆菌可选择阿莫西林克拉维酸、第二代或三代头孢菌素，左氧氟沙星或莫西沙星，后期则常分泌出铜绿假单胞菌。英国胸科学会推荐口服环丙沙星500到750毫克每天两次，替代方案为高剂量左氧氟沙星750毫克，每天一次或五百毫克每天两次。严重感染或合并肺实质炎症时必须静脉用药，可选用具有抗假单胞菌活性的药物，如哌拉西林、头孢他啶、头孢哌酮舒巴坦、左氧氟沙星或妥布霉素、阿米卡星。如痰培养阳性应根据药敏结果用药疗程不统一，一般为十到十四天常用十四天方案。