治疗肛窦炎首先应当注意饮食调理，多吃一些清淡的食物，多吃容易消化的饮食，避免辛辣刺激、生冷的食物，保持大便通畅，排便后经常用温盐水坐浴，改善肛周的微循环。得了肛窦炎还应当积极的给予药物治疗，可以应用中成药物，比如牛黄解毒片。如果局部合并脓肿还应当应用有效的抗生素，控制局部炎症。可以行细菌培养以及药敏实验，根据感染细菌的不同种类，给予相应的药物。还可以应用中药肛门熏洗，还可以给予中药煎剂保留灌肠，可以提到抗炎、止痛、止痒的作用。