泡沫箱种菜有毒的问题，需要从泡沫箱的材料和使用环境两个方面来分析。

首先，泡沫箱通常是由聚苯乙烯（EPS）材料制成的，这种材料本身是无毒的。EPS是一种轻质、弹性好、绝缘性能好的材料，常用于包装、保温等领域。在食品包装中，EPS材料也经常被使用。

但是，泡沫箱在使用过程中可能会受到环境污染的影响，例如如果泡沫箱曾经被用于包装过化学品、有毒物质等，则泡沫箱内可能会残留有害物质。因此，在使用泡沫箱种菜时，需要注意选择干净、无污染的泡沫箱。

另外，泡沫箱本身也存在一些使用上的问题。例如，泡沫箱的透气性较差，容易造成土壤过湿，导致植物根部腐烂。此外，泡沫箱的保温性能也可能会导致植物在夏季高温时受到过度保护，影响植物的生长。

综上所述，泡沫箱种菜本身并不会有毒，但需要注意选择干净、无污染的泡沫箱，同时还需要注意泡沫箱的使用环境和使用方法，以保证植物的健康生长。