进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。其次观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物，如果出现肿物，应当观察其颜色、数目、位置，用手可以牵开肛门，触摸肛周肿物的质地、硬度、活动度。然后观察粪便颜色、是否成形、局部是否有脓等分泌物。进行肛门检查比较关键的是行直肠指诊，直肠指诊可以排除是否存在肠道恶性肿瘤，如果触摸到肿物，还可以记录其形态、大小、硬度、活动度以及距肛缘的距离。所以直肠指诊，对于排除直肠癌有很好的诊断依据。肛门检查有时还可以利用辅助的检查，如有肛瘘，也可以用探针或者弯止血钳，进行探测其窦道、瘘管。